Шегарский межрайонный отдел по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляет полномочия по контролю и надзору в закрепленной сфере деятельности на территории муниципальных образований «Бакчарский район», «Кожевниковский район», «Шегарский район», «Кривошеинский район», «Молчановский район» где обеспечивает государственный ветеринарный надзор на транспорте, за обеспечением здоровья животных, безопасностью продукции животного происхождения и лабораторного контроля; надзор в области карантина растений; надзор за безопасным обращением пестицидов и агрохимикатов, качеством и безопасностью зерна; семенной контроль; контроль за исполнением органами государственной власти субъекта Российской Федерации переданных им полномочий по осуществлению государственного лесного контроля и надзора и государственного пожарного надзора в лесах; государственный земельный контроль; осуществляет функции по защите населения от болезней общих для человека и животных; другие установленные законодательством РФ полномочия.
Лицензирование ветеринарных аптечных сетей, розничной торговли лекарственными средствами, предназначенными для животных, проводит Управление Россельхознадзора по Томской области.