Управление Россельхознадзора по Томской области осуществляет полномочия в закрепленной сфере деятельности в тесной взаимосвязи с другими Федеральными и областными структурами. Такими как: Роспотребнадзор, Росприроднадзор, Роснедвижимость, Томская Таможня, УВД Томской области, ГИБДД,  Департамент природных ресурсов и охраны окружающей среды, Департамент развития предпринимательства и реального сектора экономики, департамент социально-экономического развития села, Управление ветеринарии Томской области.